Mimořádná pozornost je věnována jištění jakosti. Podmínkou pro povolení výroby léčiv bylo vytvoření funkčního systému jakosti podle pravidel Evropské Unie. Důkazem jakosti vyráběných léčivých přípravků je certifikát GMP - Správné výrobní praxe, který PRO.MED.CS Praha a.s. získala v roce 1996. Od samého počátku byla Společnost budována na zásadách Správné výrobní a Správné laboratorní praxe a získáním těchto certifikátů se trvale zavázala dodržovat vysokou úroveň jištění jakosti při vývoji, výrobě a kontrole léčiv.
Výrobní a kontrolní procesy v PRO.MED.CS Praha a.s. splňují veškeré požadavky, které jsou kladeny na farmaceutickou výrobu v EU. Dodržování pravidel pro výrobu, kontrolu a distribuci léčiv je pravidelně ověřováno pracovníky Státního ústavu pro kontrolu léčiv. Cílem těchto prověrek je zajištění jakosti, účinnosti a bezpečnosti léčiv od výzkumu a vývoje, přes výrobu, kontrolu, celý distribuční řetězec až k pacientovi.
Vysoká kvalita vyráběných přípravků je zaručena pravidelnými kontrolami kvality v moderně vybavených laboratořích, kde jsou uplatňovány postupy popsané v Evropském lékopisu.
Společnost má od roku 1999 systém jištění jakosti rozšířený v rozsahu normy ČSN EN ISO 9001.